传统固相萃取仪比较与传统的固相萃取仪(SPE)技术相比，自动化磁性固相萃取仪具有多种优势。
(1)磁性吸附剂通常为纳米级材料，相比于传统填充柱材料，纳米粒子的比表面积更大、扩散距离更短，所以较少量的吸附剂和较短的平衡时间里就可以实现萃取分离，因此具有较高的萃取能力和萃取效率;
(2)MSPE分离过程中，只需要一个外部磁场即可实现相互分离，操作简单、省时，避免了传统SPE过程中的离心过滤、样品.上样等耗时问题，且在处理复杂基质样品时，也不会存在SPE过程中常见的柱堵塞的问题;
(3)磁性吸附剂经不同的功能化修饰，可实现对分析物的选择性萃取，经适当的润洗之后还可以循环使用，节约分析成本。
在食品检测中的应用近几年来， MSPE的应用发展非常迅速，在分子生物、环境检测、材料科学、食品检测等诸多领域都展示了其应用前景。
在食品检测领域中，自动化磁性固相萃取仪用于食品检测涉及的食品基质包括油脂、牛奶、蜂蜜、饮料、肉制品、粮食加工品、蔬菜、茶叶等样品，所萃取的对象则包括各种重金属离子、农药残留、兽药残留、合成色素、非食用色素、其他化学污染物(邻苯二甲酸酯、多环芳烃等)等，均取得了不错的效果。
自动化磁性固相萃取仪在各种复杂样品前处理的应用中确实显示出了良好的应用潜力，但由于发展时间较短，仍存在许多不足之处，比如现有的磁性纳米粒子材料种类偏少，功能化修饰后某些磁性材料的磁性减退甚至消失会造成回收不好，实际应用装置不完善等问题都使得MSPE离高通量、大规模应用还有一段距离。所以，分析化学工作者们尚需要从以下几方面继续开展研究:
(1) 合成更多有用的功能化磁性微纳米粒子，以满足复杂多样的样品前处理体系的需要，特别是设计合成对复杂基质中目标分析物具有专一吸附能力的磁性材料;
(2)设计开发新型MSPE实际应用装置，提高其自动化水平，以改善其应用环境，进而扩展其应用范围;
(3)与现有的其他萃取技术相结合，开发更高效的前处理模式;
(4)与现有的检测仪器联用，发展在线磁性固相萃取仪( on-line MSPE)技术，以提高其处理效率
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